在近几十年国内飞速发展历程中，环保在发展前期并未得到重视，伴随生产业发展与人类活动扩大，大量的污染物流入水域当中，生态系统遭到破坏，蓝藻水华爆发频频，多流域水质日益下降，正在慢慢影响着人们的生活。在近几年中，生态修复成为了我国研究的种地啊，一般现在的治理方法一共分为三种，分为物理法，化学法与生物法。物理法即通过物理性的工程与进行处理，例如清淤、截污、沉淀、吸附等方式，但也属于治标不治本的办法；化学法则是通过投加化学药剂去进行净化水质，杀菌灭藻，去除金属污染物等，但带来的问题更加严重，毁坏了生态平衡与本土菌群的生长，并不是一项长期解决办法；第三种则是生物治理方法，通过构建人工湿地，养殖水生动植物，投放生物菌等方法来治理水域。同时建立环湖生态林来防止外来的污染物进入水体当中，从而让其去自行净化，重建生态系统，恢复其自净化的能力。在此三种方法中，多数使用生物治理的方法，因其修复的效果好，持续的周期厂并且负面效果小，符合自然生态学方针，成为我国目前国内的研究重点。
一般治理方法：
1.控制外来污染源
通常可截断外来污染源的排入从根源去解决问题，一般由于河道、湖泊的污染都来自于外来源源不断的污染源输入导致水质开始变差，所以可以从其流域内的污染源、污水口、城镇污水排放口等地进行截断其输入，其次通过扩大植被与湿地覆盖来进行防护，可有效对外来污染源削弱减小其污染，从而达到降低河湖自净化的压力负荷。同时还应该加强监管，严格控制周边工厂与村落，及时处理周边垃圾，保护周边的生态环境。同时通过湿地中的生物多样性截流污染物，净化水体，沉淀并吸附污染物质，营造处一个自然过滤系统来保护河湖内部的环境。
2.通过内源治理
内源治理分为物理、化学、生物三大部分。
物理法通常是引水稀释法，此类方法通常通过引入污水厂处理后的清洁水来对湖水进行稀释与冲刷，降低河湖内污染物的浓度，为其减少自净化压力。还可通过底泥清淤覆土的方式去进行净化，通常底泥在多年的自然沉积，富含大量的营养物质与重金属物质，会使河湖加速营养化，引起蓝藻爆发，所以底泥清淤覆土也能够避免其底部污染物质源源不断释放与水中，但清淤后的底泥需要妥善处理，防止造成二次污染的发生。还有一些方法例如吹脱法，通过安装曝气设备等来营造特殊的水流环境与生物所需要的环境。
化学法通常是正对河湖具体的污染物质，投加针对性的药剂，通过化学反应去去除其污染物，例如河湖酸化，总磷超标，氨氮超标，COD超标等，一般通过投放硫酸铝、石灰、二氧化氯、臭氧等物质来净化水体，但此类方法对于水体而言二次污染比较严重，甚至恶化到超过第一次的恶化，对水体伤害性较大，水体动植物无法进行生存而大量死亡后的污染物质对于水体的危害相对较大，并且费用较高，不能盲目使用，目前国内已明令禁止河湖使用化学品净化。
生物法一般称为生物自净化能力培养系统，通过投加外源的针对性生物来增强培养水体的自净能力，主要分为下列几种。
1.通过曝气改善水体溶氧量，改变其生物菌群，由厌氧状态转变为好氧状态，来改善水体中的藻类与水华。
2.通过种植添加水生植物来净化水体中的营养物质例如氮磷等元素，找到适应的植物种类利用合适的方法进行恢复。
3.通过水体中生物群落的不同，利用其食物链关系针对水体做出改善，在小型湖域效果较好，在大型水域当中，其食物链特性较为复杂，考虑因素较多，需要慎重选择。
4.膜技术通过安置在水中的设备利用生物挂膜来吸附与分解污染物质达到净水的目的，利用表面积较大的材料作为载体，让其表面形成类似于污水厂生物填料池一样的生物膜去过滤吸收降解污染物质。
