河湖类的蓝藻暴发治理结合往年三湖（太湖、巢湖、滇池）案例可以看出，只要制定科学合理的规划与实施方案，通过加大治理力度是可以阻止蓝藻暴发的，只是作为一个长期的治理过程，需要持续性针对蓝藻暴发区域进行预防才是最合理的方法。一般小区域蓝藻爆发并不要紧，可根据具体的蓝藻爆发情况选择合适的微生态制剂，一般在投加后能够有效去除有害藻类、控制水质水色，在水生态邻域，是生态修复的优质之选。可用于各类景观水池，湖泊、河道的生态治理与修复，去除藻类保持水色的同时抑制水体中有害的细菌与藻类繁殖。在使用时因先将产品按照比例兑水激活，着重投加于藻类聚集区域，其余少量藻类的水面可以适量投加，一般用量在20-30g每方水，通常在晴天使用。在使用时应当多多注意避免于氧化剂，消毒的药物混合使用，一般在晴天藻类刚刚生长出来时，效果是最佳的，通常在水中有水生植物，一般应该酌量使用，避免藻类大量死亡产生的藻类毒素对水生动植物产生一定的伤害。在水中富含有微量元素例如钾、铁、钙、硫、镁等，其效果较好。
一般在蓝藻治理时应严格控制外援污染来削减NP侵入，为能够建设其良好的生态系统，应先采取综合治理措施，从控源截污做起，落实污染物质降低在水的自净化水平之下。一方面控制河道的污染源来自于生活、农业、工业等领域，另一方面从环境角度削减入水污染，例如其上下游或分支河道中种植业、养殖业、水产业、农村垃圾污染、降雨污染、城镇、农村、山林等土地污染。尽量控制在湖泊的自净化能力范围以内。湖泊自净化能力在平常较为难以判定，中大型河湖类自净化能力也大不相同。水体自净化包含物理作用，化学作用，生物于生化作用，多种作用相互影响，但又同时进行着。其中物理作用包括了稀释、混合、沉淀与吸附凝聚作用，化学作用包括分解与酸碱反应、氧化与还原反应，通常其与生物作用同时存在，生物类包含着微生物、动植物、藻类等，同时也包括生物分解、生物转化等作用，其中生物作用在水体的自净化过程中起着不可或缺的重要作用。
现如今国内大部分湖泊都有富营养化现象，但是多数的湖泊并没有蓝藻暴发的现象，并且主要聚集在人口稀少，经济欠发达或水动力条件较好的地方，可以有效预防，从减少N P进入不增加水体的N P 指标以及配用其他设备设施改善富营养化，还应该保持一定的水流动性，能够有效带有蓝藻种源，减少蓝藻生长繁殖的速度。在采用多措施去减少水体中的蓝藻密度后，能够让蓝藻生长速度与密度无法达到暴发的程度，并且还应保护好原有具备良好条件的水生态系统，不使其退化被污染。
